BIOTENDER · 工具手册

Tutorial — Claude Science

Claude Science 入门教程

把 Claude 装进本地科研环境：一份从安装、核心概念到算力扩展的完整上手指南。

本文目录

它是什么，能干什么
准备工作（环境要求）
安装与登录
核心概念速览
跑第一个分析
工具、环境与连接器
算力扩展
文献检索
注释功能
数据与隐私要点
命令行速查
排错速查表

01它是什么，能干什么

用大白话描述需求，Claude 会在沙箱里写并运行 Python / R / Shell 代码，读取你授权的文件夹，通过连接器（connector）调用各类科学数据库，把产出结果保存成带"溯源记录"（provenance）的版本化文件（artifact）。后台还有一个"审阅者"（Reviewer）会自动核对 Claude 的结论是否和真实跑出来的执行记录一致。

关键特性一句话总结

文件始终留在你本机，不托管在 Anthropic 服务器
代码在本地沙箱里跑，网络默认拒绝一切，需要你逐个放行
每个新增的文件夹访问 / 代码执行 / 联网 / 远程任务，都会弹出权限卡片，由你批准

官方明确提示：Claude 会出错，Reviewer 只能降低错误率而不能消除；结果用于发表或下游决策前务必自己核实。它不面向临床/诊断用途。

02准备工作（环境要求）

项目	要求
账号	Pro / Max / Team / Enterprise（Team/Enterprise 需管理员先在组织设置里开启）
系统	macOS 13+（Apple Silicon 或 Intel）/ Linux x64
磁盘	约 5GB 空闲空间（运行时 + 初始 Python/R 环境）
Linux 额外依赖	socat、bubblewrap ≥ 0.8.0、内核需允许 unprivileged user namespaces

03安装与登录

macOS

在 claude.com/product/claude-science 下载安装包，双击安装。首次启动会自动配置运行时和 Python/R 初始环境（几分钟），随后在默认浏览器打开新标签页。如果没自动弹出，从菜单栏图标点 "Open"。

虽然界面在浏览器里打开，但它是本地应用，不是网站——只能从应用本身（菜单栏图标 / claude-science 命令）进入，不能直接输 URL 访问。

Linux

curl -fsSL https://claude.ai/install-claude-science.sh | bash
claude-science serve

首次启动会在终端打印进度，结束时给出一个本地登录链接。远程服务器场景下用 --no-browser 启动，再通过 SSH 端口转发，在本机浏览器里打开链接。

Windows（通过 WSL2）

官方暂无原生 Windows 版，可在 WSL2 下跑 Linux 版：

# 1. 以管理员身份在 PowerShell 中安装 WSL（Ubuntu 24.04+）
wsl --install -d Ubuntu-24.04

重启后打开 Ubuntu 24.04，建好 Linux 用户，然后在 Ubuntu 终端内：

# 2. 安装依赖
sudo apt update && sudo apt install -y curl bubblewrap socat

# 3. 安装 Claude Science
curl -fsSL https://claude.ai/install-claude-science.sh | bash
. ~/.profile
claude-science --version

# 4. 启动（指定端口，不自动开浏览器）
claude-science serve --port 8765 --no-browser

把终端打印出的本地 URL 复制到 Windows 浏览器即可（WSL2 自动转发 localhost）。

必须用 Ubuntu 24.04+（22.04 自带的 bubblewrap 版本太旧）。应用随 WSL 虚拟机关闭而停止；想让它一直挂着，用 wsl -d Ubuntu-24.04 -- ~/.local/bin/claude-science serve --port 8765 --no-browser 并保持该 PowerShell 窗口不关，或用 --detached 在后台跑。

04核心概念速览

Project（项目）：把相关的会话和产出归到一起，可以设置项目级自定义说明（custom instructions），授权过的文件夹在项目内的会话间持续生效。
Session（会话）：一条对话线，拥有独立工作区和多个运行中的内核（kernel）。
Artifact（产出物）：Claude 保存进项目的文件——图表、处理后的数据、报告、notebook 等，永久保留直到你手动删除；其它中间生成的临时文件会在会话结束几小时后自动清理。
Provenance（溯源）：每个 artifact 版本都记录了"怎么做出来的"，包含五个标签页：Messages（对话上下文）、Code（可复现脚本）、Execution Log（真实执行日志，权威记录）、Environment（环境与依赖版本）、Review（审阅者结论）。Code 和日志不一致时以日志为准。
Sandbox（沙箱）：所有代码运行的隔离环境，只能读写工作区和你授权过的文件夹，网络默认拒绝一切，按需逐个放行。
Permission Card（权限卡片）：每当需要新权限，都会弹卡片，你选择一次性 / 持续 / 项目级 / 全局授权。
Reviewer（审阅者）：自动核查 Claude 的结论是否对得上实际执行记录，但它不会重新跑分析，也不评判方法选得对不对。
Delegation（任务拆分）：可以让 Claude 把一个大任务拆成多条并行轨道同时跑，但只能整体 Stop，不能单独叫停一条。
Memory（记忆）：默认关闭，开启后 Claude 能跨会话记住关于你和你项目的简短事实，存在本机数据库，不会同步给 Anthropic。

05跑第一个分析

打开 Example 项目，或新建一个项目。
在输入框里直接打字一个文件夹路径，或用 @ 选择器引用本机文件夹。
弹出文件夹访问权限卡片时，选择是否允许（只读 / 读写）。
Claude 提议运行代码时，确认代码执行权限卡片。
结果会作为 artifact 出现在右侧 Files 面板里。

常用快捷键：@ 插入 artifact 或已上传文件；# 插入历史会话；/ 插入技能（skill）。

06工具、环境与连接器

代码执行环境

Python 和 R 跑在常驻内核里，变量在会话内的多个步骤间保持内存状态；闲置约 30 分钟、装包重启环境、或会话结束时内核会退出。

首次启动会建好两个只读初始环境：Python 含 numpy / pandas / scipy / matplotlib / seaborn / pillow；R 含 tidyverse / ggplot2 / jsonlite。

需要额外的包时，Claude 会复用已有的命名环境，或提议新建一个，权限卡片会显示环境名和初始包列表。

内联 pip install 只在当前内核存活期间有效，重启即失效；要永久保留某个包，需明确让 Claude"把这个包装进环境"。沙箱无 root 权限，不能用 apt/sudo，全部走 conda-forge 或源码编译。

Featured 连接器

开箱即用，默认全开，可在 Settings > Connectors 单独关闭。覆盖基因组（Ensembl/UCSC）、基因与本体（MyGene/UniProt/GO/Reactome）、变异（gnomAD/ClinVar/dbSNP）、人类遗传学（GWAS Catalog 等）、结构与互作（PDB/AlphaFold/EMDB）、化学（PubChem/ChEBI/BindingDB）、药物监管（FDA/openFDA）、文献图谱（OpenAlex/arXiv）等十余类公共生命科学数据库，全部只读、免密钥。另有目录连接器 PubMed、Clinical Trials、ChEMBL、bioRxiv 可从连接器目录添加。

Skills（技能）

内置文献综述、适应症档案（indication dossier），以及 AlphaFold2、Boltz-2、Chai-1、ESMFold2、OpenFold3、ProteinMPNN（含 LigandMPNN/SolubleMPNN）、DiffDock、ESM-2、Evo 2、Borzoi、scGPT、scvi-tools 等模型专用技能。Claude 按需自动加载，也可以用 / 手动选用，还能让 Claude 把某次会话里跑通的流程提炼成一个新技能。

07算力扩展：本机不够用时

远程 SSH 主机（自己的工作站 / HPC 集群）

在 Settings > Compute > SSH hosts 添加，复用你本地 ~/.ssh/config 里的别名、用户、端口、ProxyJump 配置，无需在远程主机上装任何东西。添加时会做一次只读探测（CPU/内存/GPU/CUDA/conda/Apptainer/scratch 目录、是否有 sbatch）。

远程任务跑在沙箱之外，以你的账号身份在远程主机上执行，能读写你账号能碰到的一切，需谨慎授权。普通工作站任务是后台进程，SLURM 集群走 sbatch 提交，默认超时 30 分钟，跑长任务要提前告诉 Claude。

Modal（按需云算力）

在 Settings > Compute > Cloud providers 连接你自己的 Modal 账号（账单由 Modal 直接找你，Anthropic 不经手支付）。需要 GPU 或更大内存时，Claude 会提议一个任务卡片，列明机型、按秒计费、最大计费时长。单次输入文件限 1GiB，输出限 5GiB（写到 ./out/）。

关闭应用不会取消正在跑的 Modal 任务，它会继续计费直到结束或超时——记得去 Modal 控制台盯一下账单。

云存储（S3 / GCS / Azure Blob）

在 Settings > Credentials 里填凭证并列出可访问的 bucket/容器，之后 Claude 用标准 boto3 / Azure SDK 在代码里直接读写，无需每次弹卡片确认。

08文献检索

给一个 DOI 或标题，Claude 会按顺序尝试：开放获取拷贝（Unpaywall/Semantic Scholar/PMC）→ 你持有 Key 的出版商通道 → 图书馆代理 → 出版商页面。可在 Settings > Credentials 里加 Elsevier / Springer Nature / Semantic Scholar / NCBI 的 API Key，或机构 EZproxy 来提高命中率和速率——但没有任何 Key 能绕过付费墙。

09注释（Annotations）功能

可以直接在 Markdown / 代码 / PDF（单页内）/ 图片或渲染后的 HTML 报告里选中内容、点 "Annotate" 留评论，攒够几条后随下一条消息一起发给 Claude（不是保存即发送）。单条注释上限 1000 字符，PDF 不能跨页选择。

10数据与隐私要点

团队 / 企业用户尤其要注意以下几点：

会话记录和 artifact 只存在你本机，Anthropic 不托管、不能浏览导出；但每次调用模型时，prompt 和回复仍会按 Anthropic 标准模型流量留存策略记录在服务器端。
连接远程算力（自己的服务器/云账号）时，代码和数据直接发往那个目的地，不经过 Anthropic。
当前 Beta 阶段，组织管理员的 Custom Data Retention、Org Data Export、Compliance API、审计日志都还覆盖不到 Claude Science 本机数据；员工离职后本机数据不会被自动清除，需要靠设备管理（MDM/EDR）来兜底。
HIPAA 合规组织可以开启 Beta，但使用不在 BAA 覆盖范围内，不建议处理 PHI 数据。

11常用命令行速查（Linux/WSL）

claude-science serve              # 启动并打开浏览器登录
claude-science serve --no-browser # 启动但不开浏览器（适合远程/无头环境）
claude-science url                # 打印一个新的登录链接
claude-science status             # 查看运行状态（JSON）
claude-science logs --tail        # 实时查看日志
claude-science stop               # 停止程序
claude-science update --check     # 检查更新
claude-science import <path>      # 合并另一个数据目录（无预览、不可撤销，先备份）

常用 serve 参数：--port（端口）、--detached（后台运行）、--no-auto-update（不自动更新，便于固定版本）。

--dangerously-no-sandbox 和 --dangerously-skip-approvals 两个参数会分别关闭沙箱隔离和自动批准所有权限卡片，日常使用务必避免。

12排错速查表

现象	处理方式
没自动弹出浏览器标签	macOS：菜单栏图标点 Open；Linux：复制终端打印的 URL，或运行 `claude-science url`
Linux 启动失败	安装 bubblewrap ≥ 0.8.0，确认 unprivileged user namespaces 已开启（`bwrap --version` 检查）
`command not found: claude-science`	`~/.local/bin` 未加入 PATH，执行 `. ~/.profile` 或开新终端
`bwrap too old`	升级到 Ubuntu 24.04+
`daemon already running on port 8765`	已在运行，直接 `claude-science url` 打开链接即可
登录卡在 claude.ai	确认账号是否为付费计划（Free 不支持），或用 "Paste a code" 代替自动跳转

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