AlphaFold 3 源码正式开源！
DeepMind 也是没招了
v3.0.3 把代码协议从 CC BY-NC-SA 4.0 换成 Apache 2.0——没博客、没新闻稿、没推文。这不是恩赐，是承认现实。
AlphaFold 3 在 6 月 9 日发了 v3.0.3。release notes 里"支持 Python 3.14"、"mmCIF 解析快 4%"、几个糖链原子的 bug 修复，中间像贴便利贴一样塞了一句："AlphaFold 3 代码许可证从 CC BY-NC-SA 4.0 改成 Apache 2.0。"没有官方博客，没有新闻稿，没有推文，DeepMind 把这件 19 个月以来 AlphaFold 系列最重要的政策变化，处理得像一次手误更正。
这种刻意的低调本身就是信号。要看懂这次 release 真正在讲什么，得把它和过去 19 个月里发生的事放在一起读。
先把事说清楚，免得被"AF3 完全开源"那种标题带偏。这次只动了源代码协议，权重还锁得死死的。WEIGHTS_TERMS_OF_USE 一个字没改：模型参数只允许大学、非营利、研究所、新闻和政府机构申请使用，商业 biotech 和药企一律不准，给商业组织打工的学者也不准，更不准用 AF3 的输出去训练同类结构预测模型。代码自由了，模型还是关着门。
那为什么是现在改？
回头看 2024 年 11 月 AF3 放出代码时的算盘很清楚：用 CC BY-NC-SA 这个有"传染性"的非商业协议把代码圈起来，让任何想做衍生开发的人被协议绑死，逼大家去走 Isomorphic Labs 那条收费的商业路。社区根本没买账。MIT 和 Recursion 联手的 Boltz-1 直接用 MIT 协议把训练代码、推理代码、模型权重、数据集和 benchmark 全部开了；Chai Discovery 拿 Apache 2.0 放出 Chai-1；字节跳动用 Apache 2.0 砸下 Protenix，学术商业全免费；百度有 HelixFold3；连 Y Combinator 里几个牛津本科生搞的 Ligo Biosciences 也做了一版 Apache 2.0 协议、可商用的 AF3 重新实现；现在 SandboxAQ 和 NVIDIA 又把 OpenFold3 推上来，明确的目标就是"AlphaFold 3 的逐位复现"，Apache 2.0 协议，学术商业都能用。这 19 个月里 AF3 在 GitHub 上是孤岛，周围长出一圈完全可商用的复制品。
真正捅穿护城河的是 Boltz-2。2025 年 6 月 6 日由 MIT 和 Recursion 联合发布，MIT 协议，第一次把结构预测和小分子结合亲和力预测放进同一个 co-folding 模型，在标准 benchmark 上逼近自由能微扰（FEP）这个金标准，速度快 1000 倍，权重、训练代码、推理代码全部开源，学术和商业都能用。药企真正关心的下游能力——亲和力预测——开源版做出来了，而公开 AF3 没有。DeepMind 自己有更强的内部版本，锁在 Isomorphic 不对外。这一刻起，对绝大多数商业药企来说，AF3 公开版的能力已经全面落后于开源生态。
到 2026 年整个领域的话术变了。"单一冠军"时代结束，"多模型组合使用"成为标准，模型选型能力——根据基准和内部需求挑选并组合合适模型——变成计算化学家和结构生物学家的新核心技能。AF3 在这个新格局里被压缩成"那个不能商用的参考模型"：精度基线被反复对齐，独有能力被一个个补齐，可商用这一关又过不去。
Isomorphic Labs 和大药企那种数十亿美元级别的合作，卖的是定制的内部强化版模型、专属数据、计算资源和团队服务，根本不靠那份推理 pipeline。代码松开可以一次性修复 19 个月里积累的社区怨气，挽回一点学术口碑；权重攥得更紧，真正值钱的东西反而保护得更死。
但这里有个 DeepMind 可能没好好算的代价。Apache 2.0 没有"传染性"，意味着从今天起，AF3 的源代码可以被任何开源项目合法吸收。Boltz、Chai、Protenix、OpenFold3 现在可以光明正大地把 AF3 实现里那些精巧的工程细节搬进自己的 codebase，反过来加速变得更像 AF3。DeepMind 等于给所有竞争对手送了一份开源大礼。
所以再回到那个低调到几乎是悄悄发布的 release notes。代码协议改 Apache 2.0 这件事 DeepMind 自己心里明白——表面写着善意，里面写着另一句话：代码这条战线已经守不住，留着 NC 协议除了招黑没别的用处，不如顺水推舟。Apache 2.0 是承认现实，不是改变现实。