BioTender 人物 · 2026 年 9 月 19 日

在耶鲁读博时确诊淋巴瘤,他转身去赌一个开源的AI制药未来

确诊淋巴瘤后,Will Hua 从耶鲁博士项目退学,全职押注开源生物基础模型 OpenDDE。赌注已摆上桌:Nature Biotechnology 盲测冠军、1 亿美元 B 轮,和一条尚未被证明的 Scaling Law。

2025 年 9 月,Chenqing Hua(Will Hua)入学耶鲁大学,开始攻读计算机科学博士。但同一年,他被确诊淋巴瘤。2026 年 3 月,入学刚满 6 个月,他正式退学,搬到了加州。

9 月 18 日,Hua 在 X 上自述了这段经历。"Facing cancer changes your calculus overnight."他在帖子里写道——面对癌症,一个人对时间的计算方式会一夜之间改变。他意识到自己没有数年时间去写增量式的学术论文,必须去做能立刻改变临床结果的东西。但他没有离开这个领域,反而把赌注加倍押了进去。

Will Hua 9 月 18 日 X 帖节选(图源:X @itswillhua)
Will Hua 9 月 18 日 X 帖节选(图源:X @itswillhua)
01

这场退学,是一场回归

把 Hua 的履历摊开看,退学并不像冲动之举。他本科和硕士都在 McGill 与 Mila 度过,但方向一直在向生物靠近:本科师从 William Hamilton 做图神经网络,成果拿过 NeurIPS 2022 Spotlight;硕士导师换成 Doina Precup 和 Guy Wolf,转向图机器学习与药物发现。

更关键的是,他从 2023 年 9 月起就在 Aureka 做研究实习,做蛋白质与酶工程的生成模型。但履历之外还有一层:2025 年,他同时在斯坦福做访问学生,并在 Harvard 和 MIT 跟随 Omar Abudayyeh 与 Jonathan Gootenberg 做蛋白工程研究。

Will Hua 在学术会议上展示其图神经网络研究海报(图源:Will Hua 个人主页)
Will Hua 在学术会议上展示其图神经网络研究海报(图源:Will Hua 个人主页)

所以更准确的说法是:他退学后全职投入的,是一家自己已经参与了三年的公司。

这场退学,是一场回归。

但回归的代价同样真实——放弃耶鲁博士学位、押注一家 2023 年才成立的初创公司,这个选择放在任何时间点都不算稳妥。

02

他押注的到底是什么?

Hua 现在担任 Aureka 的 AI 研究负责人,他团队的核心产品叫 OpenDDE(Open-Source Drug Discovery Engine)。简单来说,过去的结构预测工具一次只折叠一条蛋白链,但 OpenDDE 把整个分子体系——蛋白、核酸、小分子配体、离子——放进同一个全原子模型里一起折叠,术语上叫共折叠(co-folding)。预测和设计在这套框架里是同一个条件去噪问题:留空掩码就是结构预测,固定住抗原骨架,同一个模型就变成了设计引擎。

OpenDDE 整体架构与 Atom37 结构 token 推理(图源:OpenDDE 技术报告)
OpenDDE 整体架构与 Atom37 结构 token 推理(图源:OpenDDE 技术报告)

真正让这件事有张力的是开放程度。今年 7 月 3 日,OpenDDE 以 Apache-2.0 协议放出预览版:训练代码、推理管线、模型权重、Docker 镜像、benchmark 全部公开。这个 655M 参数的模型,训练消耗约 41.4 万 GPU 小时——相当于一张卡跑 54 年。但它对标的 Isomorphic Labs 的 IsoDDE 至今闭源,Hua 在帖子里直接把问题挑明了:"what if the frontier of computational drug discovery was open?"

OpenDDE GitHub 仓库,代码、权重与 benchmark 以 Apache-2.0 协议全部公开(图源:GitHub)
OpenDDE GitHub 仓库,代码、权重与 benchmark 以 Apache-2.0 协议全部公开(图源:GitHub)
03

开源跑分,能赢闭源吗?

至少在其最成熟的抗体-抗原共折叠任务上,答案目前是肯定的。OpenDDE 在 FoldBench-AB 上的 RANK 成功率达到 70.0%,排第二的 ESMFold2 为 58.1%,AlphaFold3 为 48.8%;在 PXMeter-AB 和 2026ARK-AB 两个基准上它同样排第一(需要说明,2026ARK-AB 是 Aureka 自建基准)。

开源的 OpenDDE,在三个抗体-抗原基准上跑赢了所有被测模型。

但这些数字来自官方自测,含金量需要第三方验证。

三个抗体-抗原基准上的成功率对比,OpenDDE 均列第一(图源:OpenDDE 官网)
三个抗体-抗原基准上的成功率对比,OpenDDE 均列第一(图源:OpenDDE 官网)

技术报告还研究了 scaling 行为:抗体-抗原预测性能随训练 token 量、随"token 量×参数量"增长而稳定提升,OpenDDE 落在拟合曲线上,闭源的 IsoDDE 也大致如此。报告据此提出两个 scaling-law 方向,并观察到一条清晰的 scaling 趋势。但要克制的是,这还只是共折叠模型上的经验趋势,距离 LLM 领域那种能跨任务预测性能的 Chinchilla 式定律还很远。

生物分子基础模型的 scaling 趋势:性能随训练规模稳定提升(图源:OpenDDE 技术报告)
生物分子基础模型的 scaling 趋势:性能随训练规模稳定提升(图源:OpenDDE 技术报告)
04

我们把它装上了一张 4090

官方数字之外,BioTender 对 OpenDDE v1.0.0 做了一次独立实测。全部测试用例在单张 RTX 4090(24GB 显存)上完成,端到端推理耗时 111 到 169 秒。但真正的发现在消融实验里:不加载多序列比对(MSA)时,蛋白质单链的 pLDDT 置信度只有 37.0,几乎不可用;通过 ColabFold 公共 API 加载 MSA 后,同一指标跳到 88.2,提升 138%。蛋白-配体复合物更极端,从 34.1 升到 87.0。

BioTender 实测:MSA 对四类分子体系预测置信度的影响(图源:BioTender)
BioTender 实测:MSA 对四类分子体系预测置信度的影响(图源:BioTender)

抗体是唯一的例外。类赫赛汀抗体的 VH+VL 在无 MSA 模式下就拿到 pLDDT 96.9、ipTM 0.97,加载 MSA 只再涨 0.5 分。这意味着抗体筛选可以跳过 MSA 搜索、实现秒级响应,但 RNA 预测仍然平庸——tRNA 的 pLDDT 只有 59.7,这是整个领域的共性难题,OpenDDE 也没能例外。

OpenDDE 能力路线图:从靶点发现到 PK/PD 共 10 环,当前预览版真正开放的只有结构预测(图源:OpenDDE 官网)
OpenDDE 能力路线图:从靶点发现到 PK/PD 共 10 环,当前预览版真正开放的只有结构预测(图源:OpenDDE 官网)

还要说清楚边界:官方明确标注当前版本为 preview,不建议用于生产管线。它今天是一个跑分领先的开源共折叠模型,但距离"药物发现引擎"的全貌还有很长的路。

05

511 个抗体的盲测,赢家是一家 AI 公司

8 月 19 日,《Nature Biotechnology》发表了 AIntibody 竞赛的完整结果——这个对标 CASP 的赛事让 29 家机构提交 511 个 AI 设计或预测的抗体,全部在统一湿实验条件下前瞻、盲测验证。但赢家是一家 AI 公司:Aureka 的模型 AuraIDE(论文中署名 AuraBind)拿下任务一"亲和力成熟"的第一名,最佳抗体的 KinExA 亲和力达 94.7 pM,较亲本抗体提升约 2,000 倍,前五名里占了三席。

AIntibody 盲测结果:Aureka 以
AIntibody 盲测结果:Aureka 以 "AI biotech" 标签出现在论文图表中(图源:Nature Biotechnology)
94.7 pM
AI 设计最佳抗体亲和力(KinExA)
113 pM
实验筛选最佳抗体
≈2,000×
较亲本抗体亲和力提升
29 / 511
参赛机构 / AI 抗体总数

对比坐标是实验方法本身:组织者再做一轮组合文库筛选,拿到的最佳实验抗体是 113 pM。

94.7 pM 对 113 pM,AI 设计的抗体第一次在这类前瞻盲测中压过了实验筛选的最优结果。

但论文自己的结论非常克制:这类成功是少数例外,没能迁移到其他任务——任务二里,除了一个模型,所有 AI 预测高亲和力克隆的表现还不如随机挑选。

06

1 亿美元,买一个闭环

资本市场已经先一步下注。8 月 10 日,Aureka 宣布完成 1 亿美元 B 轮融资,Granite Asia 独家领投首轮,HighLight Capital 等跟投,累计融资近 2 亿美元。资金用途写得很明确:大规模训练下一代生物基础模型,升级 Lab-in-the-Loop 实验反馈引擎。但比金额更有信息量的是结构——开源的 OpenDDE 做底座和声量,闭源的 AuraIDE 配合单细胞功能筛选与高通量验证形成数据闭环。

这场赌局的底牌,是"开源底座加私有数据闭环"。
Aureka 宣布完成 1 亿美元 B 轮融资(图源:Aureka)
Aureka 宣布完成 1 亿美元 B 轮融资(图源:Aureka)
07

赌局还没开牌

Hua 在帖子结尾写下的目标是:治愈疾病、消除痛苦、延长健康寿命。他把最快的路径押在开放科学和前沿模型上。但这场赌局现在走到了哪一步,需要拆开来看。

公开证据能支持的结论目前仍然有限:OpenDDE 是一个跑分领先的开源共折叠模型,AIntibody 证明了 AI 在定义明确的抗体任务上可以赢,但 scaling law 还只是一条趋势曲线。他的病情叙述来自本人自述,而这场赌局的胜负,最终要由开源社区用 OpenDDE 做出什么来决定。