技能测试报告 · 2026年4月25日

ClawBio 技能全量测试

对全部 26 个注册技能进行 demo 模式完整测试,每个技能均通过 python clawbio.py run <skill> --demo

21
直接通过
2
安装后通过
2
需额外配置
1
脚本缺失
26
技能总数
查看结果

测试覆盖总览

直接通过 (21)
81%
安装后通过 (2)
8%
需额外配置 (2)
8%
脚本缺失 (1)
4%

通过的技能

21 个技能在零配置 demo 模式下成功运行。

pharmgx ✓ 通过

药物基因组学报告 — 涵盖 12 个基因、31 个 SNP、51 种药物的 CPIC 指南,包括 CYP2D6、CYP2C19、华法林剂量。

PGx CPIC 0.9 s
equity ✓ 通过

HEIM 公平性评分 — 跨队列 FST、杂合度、人群代表性指标分析。

Genomics Equity 3.3 s
nutrigx ✓ 通过

营养基因组学顾问 — 覆盖 13 个饮食领域的 40 个 SNP,包括 MTHFR、乳糖、咖啡因、Omega-3。

Nutrition SNPs 3.1 s
metagenomics ✓ 通过

宏基因组分析 — Kraken2 分类、RGI/CARD 耐药组、HUMAnN3 功能谱。

Kraken2 Resistome 3.8 s
scrna ✓ 通过

单细胞 RNA 编排器 — 基于 PBMC3k 数据集的 Scanpy QC、双细胞检测、聚类与注释。

Scanpy PBMC3k 45.7 s
scrna-embedding ✓ 通过

scVI/scANVI 潜空间嵌入,支持批次整合,导出稳定的 integrated.h5ad 文件。

scVI scANVI 24.9 s
compare ✓ 通过

基因组比较器 — 与 George Church(PGP-1)的成对 IBS 比较及祖源估计。

IBS Ancestry 7.2 s
prs ✓ 通过

多基因风险评分计算器 — PGS Catalog,3000+ 个评分,涵盖糖尿病、冠心病等。

PGS Catalog GWAS 0.9 s
clinpgx ✓ 通过

ClinPGx API 查询 — 基因-药物相互作用、CPIC 指南、FDA 药品标签。

ClinPGx PharmGKB 1.9 s
gwas ✓ 通过

GWAS 查询 — 跨 9 个数据库的联合变异查询:GWAS Catalog、gnomAD、ClinVar、GTEx、LDlink…

9 databases rsID 1.5 s
bigquery ✓ 通过

BigQuery 公共数据集 SQL 桥接 — 只读访问并生成本地输出。

BigQuery SQL 0.7 s
profile ✓ 通过

统一个人基因组档案 — PGx + 祖源 + PRS + 营养基因组学一体化报告。

Multi-omics Report 0.7 s
galaxy ✓ 通过

Galaxy 桥接 — 通过 BioBlend 搜索、运行并串联 8000+ 个生物信息学工具。

BioBlend 8000+ tools 0.2 s
illumina ✓ 通过

Illumina/DRAGEN 数据包导入 — 三级分析的元数据标准化。

DRAGEN NGS 0.8 s
rnaseq ✓ 通过

批量/伪批量 RNA-seq 差异表达分析 — PyDESeq2、QC、PCA、火山图。

PyDESeq2 DE 8.4 s
diffviz ✓ 通过

差异表达可视化器 — 为批量 RNA-seq 和 scRNA 提供丰富的下游图表与报告包。

Visualization DE 2.9 s
protocols-io ✓ 通过

protocols.io 桥接 — 通过 REST API 搜索、浏览和获取科学实验方案。

REST API Protocols 0.3 s
acmg ✓ 通过

ACMG/AMP 临床变异分类器 — 28 条标准,SF v3.2 次要发现筛查。

ACMG Variants 0.8 s
mr ✓ 通过

孟德尔随机化 — 双样本 MR,含 IVW、Egger、加权中位数/众数及完整敏感性分析。

MR Causal 2.7 s
affprot ✓ 通过

亲和蛋白质组学 — Olink NPX 和 SomaLogic SomaScan 差异丰度分析。

Olink SomaScan 3.4 s
flow ✓ 通过

Flow.bio API 桥接 — 流程、样本、项目及执行管理。

Flow.bio API 2.0 s

安装依赖后通过

2 个技能需要额外安装 pip install 或 R 包 — 安装后均可通过。

methylation ✓ 通过*

基于甲基化时钟的表观遗传年龄 — 通过 PyAging 计算 Horvath、GrimAge、DunedinPACE。需要 pip install pyaging.

PyAging Methylation ~90 s
修复:pip install pyaging
bioc ✓ 通过*

Bioconductor 包发现、工作流推荐及入门代码生成。需要 R + BiocManager。

R BiocManager ~30 s
修复:install.packages('BiocManager')

需额外配置或不可用

2 个技能需要外部工具或 API 密钥,1 个技能在仓库中缺少脚本文件。

data-extract 🔑 需 API 密钥

使用 Claude 视觉 + OpenCV 校准从科学图像中提取数值数据。需要 Anthropic API 密钥。

Claude Vision OpenCV 1.3 s
修复:在 config.env 中设置 ANTHROPIC_API_KEY
gwas-pipe ⚙ 需外部工具

GWAS 流程 — PLINK2 QC + REGENIE 两步关联分析。plink2 已就绪,regenie 需通过 conda 安装。

PLINK2 ✓ regenie ✗ 0.1 s
修复:conda install -c bioconda -c conda-forge regenie
llm-bench ✗ 脚本缺失

LLM Biobank 基准测试 — 评测 LLM 在 UK Biobank 知识检索上的表现。脚本 llm_biobank_bench.py 未提交至仓库。

UK Biobank Benchmark
llm_biobank_bench.py 在 skills/llm-biobank-bench/ 中未找到