SPECIMEN 000
SMILES
HASH ID
–
分子量 (g/mol)
用 GPT‑2 架构的分子生成模型，面向促凋亡蛋白 BIM 生成一批候选小分子，并完成 3D 构象的能量最小化。这是一次从环境搭建、踩坑排错到出图的完整记录。
DrugGPT 由 HuggingFace 上的 liyuesen/druggpt 发布，接受靶蛋白 FASTA 序列作为输入，通过自回归方式生成符合靶点特征的候选 SMILES，再转换为可用于分子对接的 3D SDF 结构。本次以 BCL2L11（Bcl‑2 家族促凋亡蛋白 BIM）为靶点，在 GPU 服务器上完成了从环境搭建、模型推理到能量最小化的全流程，最终产出 101 个带 3D 坐标的候选分子。
流程中定位并修复了 5 个技术问题，其中最关键的优化把单分子 3D 生成时间从超时（>60s）降到了 0.18 秒。
hash_ligand_mapping.csv 中有 102 条记录，但 ligand_output_min/ 目录下只有 101 个 .sdf 文件；缺失的一条哈希（2181714a…4c1）没有对应的 3D 结构文件，本页画廊只收录了有完整 3D 坐标的 101 个分子。101 个分子均已完成能量最小化，点击卡片查看结构、SMILES，并可加载能量最小化后的真实 3D 构象。