LABCOMPASS · 2026.10.09

AI 开始设计细胞命运,虚拟细胞迎来关键转折

LabCompass 把目标细胞状态转成培养条件,并在体外造血体系中接受实验检验。但从表型富集到可靠的细胞制造,还有几道关。

THE EXPERIMENTAL TEST

2026 年 10 月 9 日,一篇预印本把“想得到什么细胞”变成了可测试的培养配方。剑桥大学与 Helmholtz Munich 等机构推出 LabCompass,但实验边界很明确:人脐带血 CD34⁺ 细胞的体外造血培养,研究尚未经过同行评审。[1]

团队把生成设计、筛选条件、测量细胞和更新模型串成四轮流程。但第一轮使用已测条件做留出检验,第二至第四轮才培养模型提出的新条件。[1]

目标表型、候选配方与实验反馈构成逆向设计闭环(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看
116
初始培养条件
连续组合的实验设计空间 · [1]
78M
累计流式细胞测量
含初始筛选和后续流程;非转录组 · [1]
22%
新配方的红系祖细胞比例
配方 266,约为同轮对照 247 的 1.6 倍 · [1]
01
BIOLOGY / INVERSE DESIGN

想要一种细胞,为什么还要试那么多配方?

造血干细胞和祖细胞像站在多条岔路前。不同信号会改变它们走向各条分支的概率,但同一培养条件通常留下混合群体。这项研究瞄准的是目标细胞群的富集,无法保证每个细胞都走向同一命运。[1]

起点是 116 个培养条件、约 5000 万个细胞的光谱流式测量。团队改变 10 种分子的浓度、氧气水平和培养时长,后续累计测量约 7800 万个细胞。但这里的读出是表面标记和散射特征,不能当作同规模的转录组数据。[1]

人脐带血 CD34⁺ 细胞的培养筛选与光谱流式读出(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看

普通前向预测像先填好出发条件,再看可能抵达哪里。但研究者更想先指定终点,再寻找路线。LabCompass 将目标细胞比例交给生成模型,让前向模型的预测反馈引导配方生成。连续剂量因此成为可优化的变量。[1]

可以把生成过程想成不断修正的草图:模型逐步把噪声变成候选配方,再用目标偏差调整方向。这套方法采用流匹配,并以学到的配方分布约束搜索。但更换目标时无需重训,与实验反馈后重新训练模型,是两件不同的事。[1]

前向预测的反馈引导流匹配模型逐步生成培养条件(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看
02
BIOLOGY / INVERSE DESIGN

70% 很亮眼,但先别把它写成 AI 新纪录

第一轮留出了六个已测条件,其中既有配方 210 的巨核祖细胞比例约为 70%。初始训练条件的这一比例均未超过 16%。但模型没有培养新的 70% 配方,这一轮考的是能否找回训练时未见的有效条件。[1]

部分生成配方接近既有条件的关键分子组合,支持了模型的检索能力。但找回文献配方与发现更优配方,证据等级不同。接下来的湿实验,才需要回答模型提出的新条件是否真的有效。[1]

第一轮使用留出条件检验,既有巨核祖细胞配方作为参照(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看

第二轮开始,团队为每个目标选择一个高置信候选,以及两个有潜力但不确定性较高的候选。实验既争取已有把握的结果,也为模型补上盲区。因此,“模型不太确定”有时恰好构成值得测试的理由。[1]

两个新条件分别得到约 44% 和 10% 的巨核祖细胞,另两个得到 6.1% 和 7.4% 的红系祖细胞。后两者进入已测条件的前 16.3%,但巨核结果仍未超过既有 70% 配方。新方案的价值,需要靠具体比较说明。[1]

第二轮筛选高置信与探索性配方,并检验目标细胞比例(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看

加入部分新测量后,两个留出条件的目标预测不确定性分别下降 18.4% 和 66.1%。但不确定性降低本身还不够,团队还比较了真实测量与预测之间的对应程度,检验模型是否学到了有用信息。[1]

标记表达均值的平均 Pearson 相关系数由 0.437 提升至 0.873。但这项结果来自两个留出设计,不能推广成所有细胞状态的统一准确率。[1]

第二轮反馈降低留出配方的不确定性,并改善标记预测(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看
03
BIOLOGY / INVERSE DESIGN

缺了培养信号,再聪明的模型也走不通

第二轮针对表型造血干细胞和早期 B 系细胞的富集,效果有限。但这个失败暴露了一个更基础的约束:如果培养体系缺少关键支持信号,搜索得再精细,也可能到不了目标区域。[1]

第三轮,研究者引入 M-CSF 和淋巴系混合物 LY cocktail,先做补充实验,再训练扩展后的模型。包含氧气与时长的建模轴从 12 个增至 14 个。但增加哪些信号依靠生物学知识,不能归功于 AI 自行发明新成分。[1]

引入 M-CSF 后的单核细胞标记与新配方富集结果(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪与子面板重排)点击图片放大查看

添加 LY cocktail 后,补充条件的早期 B 系细胞计数进入已测条件的前 25%。CD19 标记读出也提高,但这些结果指向早期群体富集,距离成熟、具备完整功能的淋巴细胞生产,仍有明显距离。[1]

模型随后提出的两个 B 系候选中,只有含 LY cocktail 的高不确定性配方 275 同时改善了群体比例与 CD19 读出。但另一个候选没有同样奏效。[1]

添加 LY cocktail 后的 CD19 读出与两个新候选的效果差异(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪与子面板重排)点击图片放大查看
04
BIOLOGY / INVERSE DESIGN

同一个终点,可以有几条培养路线?

第四轮进一步放宽血小板生成素 TPO 的剂量范围。此前上限是 2.5 ng/mL,新增实验测试了 25 和 100 ng/mL。模型预测巨核—红系群体比例在较高剂量趋于平台,实验支持这一趋势,但剂量提高并非持续增益的保证。[1]

新配方 266 将红系祖细胞比例提高到约 22%,约为对照配方 247 的 1.6 倍。但这里比较的是同轮对照,不能拿第二轮的 6.1% 或 7.4% 直接计算倍数,更不能把祖细胞比例写成成熟红细胞产量。[1]

提高 TPO 剂量范围后的预测检验与新配方红系祖细胞读出(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪与子面板重排)点击图片放大查看

更有意思的是,模型找到了不同组合:一条路线使用 UM171 和较高 butyzamide,另一条主要组合 TPO 与 IL-3。后者不含 UM171,butyzamide 用量也较低。但两条路线都能抵达接近的目标群体分布。[1]

两种配方的巨核—红系相关群体累计比例约为 20%—30%,接近本轮阳性对照。但这一读出合并了多个细胞群,与前面的巨核祖细胞 70% 口径不同。表型相近,也尚不足以断言两条路线的细胞功能完全等价。[1]

不同信号组合获得接近的巨核—红系群体比例;散点为五次技术重复(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪与子面板重排)点击图片放大查看

两条 CD16⁺ 单核细胞配方的实测平均比例为 7.8% 和 8.7%,均高于本轮阳性对照。但模型预期只有 2%—4%。这个偏差说明,有用的实验建议可以来自不完美的预测,却无法替代最终验证。[1]

多个配方抵达相近表型,意味着研究者可能有机会在试剂供应、成本和工艺约束之间选择。逆向设计因此提供了“可选路线”的价值。但论文并未完成这些路线的成本优化或临床制造评估,这仍是应用潜力。[1]

不同 CD16⁺ 单核细胞配方的参数分布及体外验证;散点为五次技术重复(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪与子面板重排)点击图片放大查看
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BIOLOGY / INVERSE DESIGN

从表型可达,到功能可靠,还有多远?

这项研究主要依靠流式标记定义细胞状态,关键对照图的五个散点代表技术重复。但供者差异、跨批次稳健性、长期功能和体内表现,不能由这些散点直接推出。7800 万个细胞也不等于同等数量的独立实验。[1]

在 BioTender 看来,这项工作的转折在于:把虚拟细胞拉进了实验决策的检验场。但表型干细胞富集仍有限,时序给药和更多体系尚待探索。[1]

细胞状态依据流式标记与群体分布界定,尚需功能层面验证(图源:Paulas-Condori 等,LabCompass 预印本,2026,CC-BY 4.0;原图裁剪)点击图片放大查看