BioTender
AI4Bio Frontier · 2026.05
行业观察 / 数据基建

AI 制药终于等来了
真正的硬数据!

英国一个叫 OpenBind 的联盟,把第一批数据集和一个 AI 模型免费开源给全世界。国内几乎没掀起水花,但这可能是 2026 年 AI 制药领域最重要的一次发布。

BioTender 编辑部 2026.05.18
OpenBind first release blog cover

5 月 5 日,英国 OpenBind 联盟正式向全球开源第一批数据集和 AI 模型 OpenBind v1。这件事在国内几乎没掀起水花,但它在解决一个所有人都知道、但没人愿意花笨力气解决的问题:AI 制药卡了五年,卡的不是模型,是数据。

为什么模型不够用

这几年看起来很热闹。AlphaFold 拿了诺贝尔奖,Boltz、Protenix、OpenFold 隔几个月刷一次榜。

但药企里真正用 AI 做新药的人,都知道一个尴尬事实:这些模型在真正的新靶点上,经常不好使。

原因很简单。AI 学习用的数据,主要来自 PDB——人类五十年攒下来的全球公共蛋白质结构数据库。听起来很多,但能教 AI "药物分子怎么和蛋白结合"的高质量数据,远远不够。

更要命的是,药企做新药时,目标蛋白往往是 PDB 里没收录过的。AI 在这种陌生靶点上,常常崩盘。

这就像你训练 AI 看遍了所有的猫,然后让它识别一只没见过的稀有动物——它会自信满满地告诉你这是只猫。

Cofolding success rate vs training similarity
图: 各家 cofolding 模型(AlphaFold3、Protenix、Chai-1、Boltz-1)的预测成功率,随着测试数据"与训练集的相似度"下降,出现断崖式下跌。在最陌生的区间(0-20),成功率几乎都掉到 20% 以下。来源:Runs N' Poses

OpenBind 做了一件笨事

它不再等了,自己造数据。

挑一个对全球健康有意义的病毒蛋白当目标,然后用工业化方式,系统性地测试几百个候选药物分子是怎么和这个蛋白结合的。每个化合物都要做两件事:用 X 射线晶体学拍下"药物 + 蛋白"的三维结合姿势;精确测量它们"抱得有多紧"。

OpenBind official release statement
OpenBind 官方原话: 首批公开数据集 = 925 个晶体学结合事件,来自 699 个化合物,其中 601 个化合物配有亲和力测量。
925
原子级 3D 结合快照
601
精确结合强度数据
7 个月
完成生产 (过去要好几年)
CC0
零门槛,商用都行

最关键的不是数字本身,是速度:他们用 7 个月做完。过去做到同样规模,要好几年。

7 个月对几年。这就是工业化的力量。

EV-A71 2A protease with ligands overlaid
OpenBind 首发靶点 EV-A71 2A 蛋白酶:把这批化合物的结合姿势全部叠在蛋白表面上看,密密麻麻铺满了整个蛋白。蓝色是片段筛选阶段的小分子,绿色是后续优化的化合物,中间红色高亮的是蛋白的"催化活性中心"——也就是最值得攻击的关键位置。

哥大教授的一句话

Mohammed Alquraishi
"AlphaFold 之所以神奇,是因为人类几十年默默攒出了 PDB。蛋白-药物方向,还没有这样的数据库。OpenBind 就是要造一个。" Mohammed Alquraishi · 哥伦比亚大学

这话的潜台词非常重:AI 制药要复刻 AlphaFold,缺的不是更聪明的研究者、不是更大的模型、不是更多的算力——缺的是一个专门为 AI 制药准备的世界级公共数据库。

PDB 攒了快五十年才喂饱 AlphaFold。OpenBind 的回答是:不等了,用工业化方式,把这个五十年的事压缩到五年内做完。

顺手扒了行业的皇帝新装

OpenBind 用自己造的"AI 没见过"的数据,把市面上最火的 AI 制药模型挨个拉出来测了一遍。结果非常打脸。

发现一
在陌生靶点上,AlphaFold3 和 Boltz 表现都比想象中差很多。

它们在自己训练过的熟悉数据上看起来很强,但一换到没见过的目标,准确率断崖式下跌。这件事行业里很多人私下知道,但没人愿意公开说。OpenBind 用真实实验数据锤死了。

Cofolding performance comparison on EV-A71
各家 AI 模型在 EV-A71 2A 蛋白酶上的真实表现。最火的 AlphaFold3 只有 26%,Boltz-1 和 Boltz-2 都低于 10%。表现最好的是 Protenix(54%)和 OpenFold3-p2(36%)。最右边红色的 GNINA redocking 是"作弊基线"——给定正确受体构象的情况下,能到 85%。
发现二
给 AI 喂一小批靶点专属的实验数据,它的能力立刻翻倍。

OpenFold3 一开始预测新靶点成功率只有 36%。喂了一批同靶点的小分子探测数据,成功率飙到 76%。

36% 76%
OpenFold3 微调前后成功率
Fragment-screen fine-tuning improves OpenFold3 from 36% to 76%
实验数据微调让 AI 翻倍。左:OpenFold3 原生版本,成功率 36%。中:用同靶点的片段筛选数据微调后,飙升到 76%。右:GNINA redocking 的"作弊基线"是 85%——AI 微调后已经非常逼近这个上限。

这个发现可能比 OpenBind 这个模型本身还重要——意味着未来做新药,可能不再是"用通用 AI 直接预测",而是"先做一轮快速实验、给 AI 上节家教课、再让 AI 接管设计"。实验和 AI 不再是两个独立环节,而是一个闭环。

发现三
预测"药物和蛋白抱得多紧",AI 模型居然跑不赢一个最简单的指标——分子量。

也就是说,你不用 AI,你就拿个秤量一下分子有多重,猜得比这些模型还准。

Molecular weight beats AI affinity prediction models
亲和力预测大翻车。右上图的 Spearman 相关性(越高越准):最简单的"分子量"基线达到 0.48,居然打败了所有 AI 模型——Boltz-2(0.40)、GNINA(0.45)、AEV-PLIG(0.23)、AQAffinity(0.12)。

听起来像段子,但揭示了一个残酷事实:目前很多 AI 模型,根本没在学"药物怎么和蛋白结合",只是在学"分子越大,药效往往越强"这种粗糙的统计规律。

就像一个号称能预测谁会扣篮的 AI,其实只是在偷偷看身高。

★ BioTender 观察 ★
2026 年 5 月 5 日,可能是 AI 制药从"模型时代"转向"数据 + 实验 + 模型闭环时代"的分水岭。

过去五年行业的关注点几乎全在模型——每一个新模型都说自己更准更快更强。OpenBind 在告诉所有人:模型已经触到了当前数据所能支撑的天花板。下一波突破不会来自更聪明的算法,只会来自更好、更多、更系统的实验数据。

谁能率先把"造数据"这件笨活做扎实,
谁就能定义 AI 制药的下一个十年。