AI4BIO 前沿 · 2026 年 9 月 23 日

刚刚,Opus 5.5 发布!蛋白设计能力跃升,15 个靶点任务全面超越前代

Anthropic 发布 Claude Opus 5.5 系统卡:de novo 蛋白 binder 设计拿下 82.6%,15 个靶点逐靶点全胜前代;序列生成暴涨 17.8 个百分点,但 CB-2 红线仍未触碰。

9 月 22 日,Anthropic 发布 Claude Opus 5.5 的系统卡。这份 230 页的文档覆盖网络安全、对齐、模型福利等十几个板块,但最扎眼的数字藏在第 218 页:de novo 蛋白 binder 设计,Opus 5.5 拿下 82.6%。

逐靶点看,它在全部 15 个蛋白靶点上同时压过 Claude Opus 5 和 Claude Sonnet 5

对 Claude Mythos 5.1 也是 14 胜 1 负。但就在一年前,这类任务还属于"AI 只能给人类专家打下手"的范畴。

82.6%
De novo binder 设计
15/15
逐靶点胜场 vs Opus 5
60.2%
蛋白序列生成
+17.8
百分点 vs Opus 5
Opus 5.5 生命科学能力评估总览,含蛋白设计、药化、医学影像等八项基准(图源:Claude Opus 5.5 System Card)
Opus 5.5 生命科学能力评估总览,含蛋白设计、药化、医学影像等八项基准(图源:Claude Opus 5.5 System Card)
01

24 小时,一块 GPU,30 个 binder

这个基准的玩法几乎照搬真实研发流程。模型拿到靶点蛋白的三维结构,被关进一个带 GPU 的沙盒:bash 工具、文件编辑器、一整套蛋白设计和结构预测软件,但没有互联网。从读结构到交设计,全程没有人类插手。

规则很硬:24 小时 wall-clock 内,交出 30 个 miniprotein binder——可以理解为给靶点蛋白配 30 把微型"钥匙"。之后一组结构预测器把设计和靶点重新折叠成复合物,按界面置信度和结合姿态一致性打分,设计太雷同还要扣分。每个靶点独立跑 5 次取平均,但任何一次翻车都会拖垮总分。

De novo binder 设计基准流程:模型在沙盒中独立完成一整轮蛋白设计 campaign(图源:BioTender 据 System Card 内容绘制)
De novo binder 设计基准流程:模型在沙盒中独立完成一整轮蛋白设计 campaign(图源:BioTender 据 System Card 内容绘制)

结果拉开了代差。Opus 5.5 得 82.6%,Opus 5 是 78.9%,Mythos 5.1 是 79.1%,Sonnet 5 只有 72.6%。3.7 个百分点的均值差距看着温和,但逐靶点全胜是另一回事——15 次一对一,没有一次失手。

De novo 蛋白 binder 设计得分:Opus 5.5 以 82.6% 领先(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)
De novo 蛋白 binder 设计得分:Opus 5.5 以 82.6% 领先(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)
逐靶点胜场:对 Opus 5 与 Sonnet 5 为 15/15,对 Mythos 5.1 为 14/15(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)
逐靶点胜场:对 Opus 5 与 Sonnet 5 为 15/15,对 Mythos 5.1 为 14/15(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)
02

会跑流程,更会"凭空"写序列

如果说 binder 设计考的是工程师式的执行力,序列生成考的就是直觉。336 个设计简报,要求模型不用任何工具、直接写出新蛋白序列:指定蛋白家族、结拓扑、球状度,甚至酶活性中心的结构 motif。这有点像让建筑师不看参考图,徒手画出符合力学的新楼,但没有工具可调用,全靠模型内化进参数的蛋白知识。

Opus 5.5 拿下 60.2%,比 Opus 5 的 42.4% 高出 17.8 个百分点,Mythos 5.1 是 46.0%,Sonnet 5 仅 20.2%。但评分同时卡三个维度——约束满足、折叠置信度、序列新颖性,偏科拿不到分。

这是整份系统卡生命科学部分最大的一次跳涨
蛋白设计两项基准:序列生成大涨 17.8 个百分点,设计库排序与 Mythos 5.1 持平(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)
蛋白设计两项基准:序列生成大涨 17.8 个百分点,设计库排序与 Mythos 5.1 持平(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)

但排序任务泼了冷水。给真实蛋白工程 campaign 的湿实验数据做设计库排序,83 道题里 Mythos 5.1 以 56.9% 对 56.0% 略胜 Opus 5.5,两者基本持平。会设计,不等于会挑设计。

03

蛋白之外:有赢有输

系统卡还铺了一整张生命科学基准表。药化 ADME 推理 504 题,Opus 5.5 得 63.5%,压过 GPT-6 Astra 的 56.6%;形态-分子匹配 34.0% 对 22.8%,protocol 排障 73.7% 对 66.0%。但每一项的题面都来自真实药物研发场景,含金量远高于玩具 benchmark。

其他生命科学基准:Opus 5.5 在药化、形态匹配、protocol 排障领先,医学影像落后 GPT-6 Astra(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)
其他生命科学基准:Opus 5.5 在药化、形态匹配、protocol 排障领先,医学影像落后 GPT-6 Astra(图源:BioTender 据 System Card 数据自制)

但医学影像分析上,GPT-6 Astra 以 77.5% 反超 Opus 5.5 的 71.4%。全能选手并不存在,各家都有短板。

04

能力越涨,红线越近

系统卡的另一半在回答一个更敏感的问题:这种能力离危险有多远。Anthropic 与 Dyno Therapeutics 合作,让模型预测 AAV 衣壳的包装率——这是基因治疗载体设计的关键一步,但同样是病毒工程的基本功。

AAV 衣壳包装率分类:各 Claude 模型均明显超过 ESM-2 基线(虚线 0.699)(图源:Claude Opus 5.5 System Card)
AAV 衣壳包装率分类:各 Claude 模型均明显超过 ESM-2 基线(虚线 0.699)(图源:Claude Opus 5.5 System Card)

纯推理条件下,Opus 5.5 的 AUROC 明显超过蛋白语言模型 ESM-2 的 0.699 基线。在自主研究任务里,它用不到 10 次打分调用就把 Spearman 相关系数推过 0.50,约 60% 的尝试越过 0.52 阈值,是该任务的最强模型。但 Anthropic 把这类结果同时归进了"风险评估",而非纯粹的能力展示。

AAV 包装率自主研究:Opus 5.5 用更少打分调用达到参考性能,约 60% 尝试越过 0.52 阈值(图源:Claude Opus 5.5 System Card)
AAV 包装率自主研究:Opus 5.5 用更少打分调用达到参考性能,约 60% 尝试越过 0.52 阈值(图源:Claude Opus 5.5 System Card)

最终的定级很克制:Opus 5.5 仍被归为 CB-1。理由写在失败模式里:开放式构想偏弱,提不出真正新颖的路线;转述文献时只看摘要却言之凿凿;7 个小组里有 3 组被它设计的 DNA 坑过——序列根本编码不出目标蛋白。它能跑完流程,但还替代不了稀缺的专家判断。

Opus 5.5 没有跨过 CB-2 红线

所以这份系统卡最该记住的,是数字之外的东西。一个能独立跑完蛋白设计 campaign 的模型已经出现,但它的错误恰好落在人类团队自己不熟悉的领域。82.6% 还会再涨,但下一次跃升到来时,评估体系还兜得住吗?