protenix-v2-report

# Protenix v2 试运行报告 ## 📄 文档 - **[protenix_v2_report.pdf](protenix_v2_report.pdf)** — 完整 PDF 报告（LaTeX 编译） - **[protenix_v2_report.tex](protenix_v2_report.tex)** — LaTeX 源码 报告内容包括： - 环境信息与依赖安装 - v1 → v2 的核心升级点（ESM3、Diffusion Scheduler、Equivariance、Config System） - 遇到的问题及详细解决方案 - CPU 运行脚本说明 ## 🔧 CPU 运行脚本 - **[run_forward_cpu.py](run_forward_cpu.py)** — 在无 MLU/CUDA 环境下强制使用 PyTorch CPU 原生算子运行 Protenix v2 ### 核心改动 ```python # 1. 环境变量（最早设置） os.environ["LAYERNORM_TYPE"] = "openfold" os.environ["MLU_VISIBLE_DEVICES"] = "" # 禁用 MLU # 2. ESM 补丁 class _FakeEsm: ... sys.modules["esm"] = _FakeEsm() # 3. 配置覆盖（强制 PyTorch 原生算子） base_configs["triangle_multiplicative"] = "torch" base_configs["triangle_attention"] = "torch" # 4. 全程 CPU DEVICE = torch.device("cpu") ``` ### 运行方式 ```bash cd /root/Protenix