论文解读 · VITA · 2026.10

从 AI 预测到实验验证,施一公团队发现 RNA 合成新机制

AlphaFold 结构给出候选,生化实验确认反应。一类植物蛋白能在不添加模板和引物时合成 RNA,但起始机制与细胞内功能仍待破解。

2026 年 10 月 20 日,西湖大学施一公、占谢超团队在 Vita 报告:三种植物蛋白能在不添加核酸模板和引物的条件下,把游离核苷酸拼成 RNA。但让这个结果站住脚,远比看到一条产物带复杂。

这项研究从 AI 预测结构出发,走到蛋白纯化、核磁共振和晶体回收实验。结构相似性提供了寻找新功能的线索,但 RNA 合成活性必须由实验确认。文章标题中的“新机制”,目前应理解为新确认的生化反应路径,完整分子步骤仍待解析。

266 → 19
结构与催化位点筛选
植物候选蛋白
3
获体外活性支持的
植物蛋白
3′–5′
OsNTP4 U/A/C 产物
核磁支持的经典连接
从预测结构到植物蛋白候选的筛选路径
从预测结构到植物蛋白候选的筛选路径(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)
01
BIOLOGY × AI · RESEARCH

序列只像约 15%,为什么仍值得动手?

像寻找零件不同、却保留相似工作腔的机器,研究者先比较蛋白的立体结构。他们用人类 cGAS 的结构作为查询,借助 DALI 搜索 AlphaFold 预测的植物蛋白结构。但结构相像,只能提示值得测试,无法直接指定它会催化哪种反应。

检索覆盖水稻、拟南芥和玉米,先得到 266 个候选;提高结构相似性门槛后剩下 29 个,再按三个酸性残基的保守性缩至 19 个。这些候选与人类 cGAS 的平均序列一致性仅约 15%。但空间上的相似,为低序列一致性的蛋白提供了功能筛查入口。

植物候选蛋白的结构相似性与序列一致性
植物候选蛋白的结构相似性与序列一致性(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)

团队重点测试水稻蛋白 OsNTP4。其预测结构与人类 cGAS 叠合,整体均方根偏差为 4.623 Å,但在保守活性区域,66 个对齐原子的偏差降至 0.735 Å。局部催化环境比整体轮廓更接近,促使研究者继续追问它的核苷酸加工能力。

三个对应的酸性位点是 Asp100、Asp102 和 Asp157。团队分别将它们换成丙氨酸,观察到催化活性丧失;但另一个表面位点 Lys194 的相同替换,对活性影响很小。按正文报告,这组对照把结构线索进一步连接到功能证据,却仍不能独自解释完整催化过程。

整体结构与局部催化核心的叠合
整体结构与局部催化核心的叠合(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)
02
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看到一条长链,离证明 RNA 还差几步?

实验中,研究者将 5 μM 纯化 OsNTP4 与各 2 mM 的四种核苷三磷酸混合,在 37 ℃ 孵育 12 小时。加入蛋白后出现新的产物峰,变性凝胶显示产物多数为 50–300 个核苷酸长度。但这些都是体外条件下的观察,不能据此推定植物细胞里的反应速率。

像把长链交给“剪刀”检查,研究者用 RNase I 处理产物,发现 UTP、ATP 和 CTP 单独生成的聚合物可被消化。但 GTP 产物较少、较短,且仅部分被消化。因此,核酸酶敏感性提供了重要线索,化学连接方式还要另行鉴定。

加入 OsNTP4 前后的产物峰与凝胶对照
加入 OsNTP4 前后的产物峰与凝胶对照(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)

连接方式如同链条接口:外形相似,接口位置仍可能不同。团队用核磁共振分析 UTP 产物,并与合成 RNA 对照;磷酸与相邻核糖上 H3′、H5′ 的相关信号,支持经典的 3′–5′ 磷酸二酯键。但这一直接证据不能无条件推广到每一种单底物产物。

正文还报告 ATP、CTP 产物有对应的核磁证据,但 GTP 产物因丰度低,未完成同类鉴定。反应同时依赖二价金属离子:缺少 Mg²⁺ 和 Mn²⁺ 时未检出产物。这些结果限定了化学反应的条件,也让“蛋白把核苷酸串起来”的判断更具体。

核磁共振对照支持经典 3′–5′ 连接
核磁共振对照支持经典 3′–5′ 连接(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)
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最难排除的,是跟着蛋白一起进来的东西

不额外添加模板和引物,仍可能有微量核酸或其他酶随蛋白进入反应。“没有添加”是实验起点,但排除夹带污染,才是支持从头合成的关键。因此,研究者把证明责任放在多条相互补充的证据上。

团队用完整蛋白质谱检查共价附着物,再将蛋白消化,检测可能夹带的核苷酸。OsNTP4 催化结构域的实测质量为 37,681.0 Da,接近理论值 37,681.53 Da;样品也未检出相应游离核苷酸峰。但“未检出”有检测边界,仍需要另一种方式检验活性归属。

蛋白质量测定与游离核苷酸检测
蛋白质量测定与游离核苷酸检测(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)

下一步是让蛋白结晶,再洗涤晶体、溶解回收,重新测试。洗涤后的晶体来源蛋白仍能生成依赖 UTP 的高分子产物,但从同一液滴取得、同样处理的非晶体对照没有相应信号。这为“活性来自 OsNTP4 本身”增加了一条独立支持。

这里结晶服务于活性验证,但并未给出 OsNTP4 催化反应的实验结构。纯化、质谱、位点突变和晶体回收检测共同压缩了替代解释的空间。所谓“从预测到验证”,在这篇论文中具体落实为:每出现一个新解释,就增加能够区分它的对照。

晶体洗涤回收及 RNA 合成活性对照
晶体洗涤回收及 RNA 合成活性对照(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)
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会给 RNA 加尾,也能从零开始?

水稻 OsNTP10 和拟南芥 AtURT1 也在不添加模板和引物时生成 RNA 聚合物。但三种蛋白的底物偏好和产物分布并不完全一致。这使发现从单个蛋白延伸到相关植物蛋白,同时保留了家族成员之间的功能差异。

这些蛋白原本属于末端核苷酸转移酶家族,像在已有绳尾继续接线;实验也保留了它们延长既有 RNA 的能力。但这次结果增加了从游离核苷酸起步的输出方式。其余 16 个结构候选是否具有相同活性,论文尚未建立证据。

水稻 OsNTP10 的底物反应与产物鉴定
水稻 OsNTP10 的底物反应与产物鉴定(图源:Li 等,Vita,2026;原论文整图裁切)

这条发现路径也有发表背景:2026 年 9 月,Nagpal 等已在 Nucleic Acids Research 报告人类 TENT4B 的无引物、无模板 RNA 聚合活性。但植物研究补充了不同蛋白、结构引导筛选和产物化学鉴定,不能笼统包装成全球首次。

家族中已有三种蛋白获得体外活性支持,但“相关蛋白都能合成 RNA”仍是待检验的推广。研究的价值在于打开了一个可实验追踪的功能空间;结构预测可以继续扩大候选,验证却必须逐个跟上。

拟南芥 AtURT1 催化结构域的 RNA 合成结果
拟南芥 AtURT1 催化结构域的 RNA 合成结果(图源:Li 等,Vita,2026;原论文整图裁切)
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能合成 RNA,距离写出指定序列还有多远?

初步测序分析得到 950 条序列,U 的总体比例为 56.0%,其余三种碱基各占 13.4%–16.4%。但样品经历加 poly(A) 尾、逆转录和 PCR,这些数据描述的是最终测得的序列集合。作者明确提醒,它们不能忠实代表原始完整 RNA 群体的全部特征。

存在碱基偏好,并不等于已经具备指定序列的写入能力。实验支持无外加模板和引物的 RNA 合成,但尚未实现按指定序列制造 RNA。“蛋白质到 RNA”描述酶催化核苷酸聚合,也不能被读成氨基酸序列被反向翻译成遗传信息。

测序集合的长度分布、复杂度与碱基组成
测序集合的长度分布、复杂度与碱基组成;不等同于原始完整 RNA 群体(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)

研究者还用 AlphaFold 预测了 OsNTP4 与短 RNA、UTP 的结合构型,但这些仍是机制假说。第一根键如何形成、产物长度如何控制、RNA 如何释放,都没有被直接解析。接下来需要底物、中间态或产物结合的实验结构,把几何上的可能性变成反应步骤。

生命起源由此多了一种可讨论的化学能力,但现代植物酶的体外活性无法证明远古过程。论文尚未找到内源 RNA 产物,也未确定反应发生的细胞条件。如果让植物中的催化位点失活,究竟会少掉哪一类 RNA、改变什么表型?这个问题,仍要回到活细胞里回答。

已确认的反应能力与尚待解析的分子步骤
已确认的反应能力与尚待解析的分子步骤(图源:Li 等,Vita,2026;原论文面板裁切)