一场关于 virtual cell 的四回合交锋,吵的其实是三件不同的事
7 月 8 日晚上 8 点 17 分,Bo Wang 发了一条帖子。
他是 Xaira Therapeutics 的生物医学 AI 负责人,多伦多大学终身副教授,scGPT、MedSAM 的发明人——这几个名字随便拎一个出来,在单细胞和医学影像圈都够镇场子。他这条帖子的意思很直白:virtual cell 的目标从来不是把扰动预测这个 benchmark 刷高分,扰动预测只是手段,真正要撬动的是下游整条药物发现链条——靶点识别、机制推断、毒性预测、biomarker 发现、治疗设计。把代理指标当成使命本身,是本末倒置。
然后 Anshul Kundaje 来了。
这位斯坦福的计算基因组学教授没有客气。他说这些目标一个都到不了 virtual cell——它们全都可以被专门为单一任务优化过的"shortcut model"解决掉,用的还是对该任务而言最合适不过的数据。他补了一句更扎心的:这帮人当年也是这么吹单细胞基础模型(scFM)的,结果一直都错。
这句话不是随口一说。Bo Wang 正是 scGPT 的作者,scFM 阵营的代表人物之一。Kundaje 这一刀基本上是指名道姓。
Bo Wang 没有回避,写了一段挺长的澄清。核心意思是三层:第一,他对"shortcut model"本身没意见,自己很多论文用的也是相对简单的模型,只要真能解决问题,模型复杂与否不重要;第二,virtual cell、foundation model、world model 这些词,本来就是描述一类模型的高层概念,不是某个具体算法,CV 和 NLP 领域也是这么一路发展出术语体系的;第三,这些概念到底能不能兑现,是个经验问题,得靠严谨验证说话,健康的怀疑没问题,但也该给一个有雄心的新方向证明或证伪自己的机会。
评论区这时候分成了两派。Hani Goodarzi 帮着补了一刀理论支撑:扰动响应、分化、药物反应、细胞状态跃迁,读出的其实是同一套调控机制,学到了机制自然就能泛化——但他自己也承认,现在的模型有没有做到这一点,仍然是经验问题。Jakub Tomek 则从另一个角度扎进来:不是反对雄心,是词要有边界,"virtual cell"目前实质上就是一个具体 ML 任务的重新包装,却借用了远比它成熟的学科的话语权。Bo Wang 回复说,这正是他原贴想强调的——virtual cell 应该超越单纯的扰动预测。
争论眼看要收敛成一场可以体面结束的学术分歧。
Lior Pachter 出手了。
这位 Caltech 的计算生物学教授,以在自己博客 Bits of DNA 上不留情面著称,直接把 Bo Wang 那句"高层概念"的辩护打掉了地基:"virtual cell"根本不是什么高层概念,这就是营销垃圾,用来给一个只存在于发布会和 PPT 里、永远造不出来的画饼项目造势,替代掉那些真正对应扎实科学的语言。
没有铺垫,没有商量的余地。
这场四回合交锋,吵的其实不是一件事,是三件事叠在一起。
Kundaje 挑的是验证方法论。他不是说 Bo Wang 的目标定错了,而是说就算每个下游任务都刷出好成绩,也证明不了存在一个统一的细胞世界模型——因为每个任务都可能被单独针对它优化过的窄模型攻破,不需要模型真的理解底层调控机制。Bo Wang 在回复里说"如果简单模型真能捕捉复杂生物学,我很高兴",这句话没有正面接住 Kundaje 的质疑:问题从来不是模型简不简单,是它到底有没有学到机制,还是只是在特定任务分布上找到了捷径。Goodarzi 想替这个洞打补丁,但补丁本身还是一句断言,没有证据。
Tomek 挑的是语言的诚实度。virtual cell 现在实际对应的,就是一个具体的扰动预测任务,却套用了细胞生物学、系统生物学这些远比它成熟的学科积累出来的术语权威。Bo Wang 拿 CV、NLP 的"foundation model"类比来辩护,但这个类比本身就不成立——foundation model 这个词在 CV、NLP 里,是先有了可复现的 benchmark 突破和下游能力的实打实提升,术语才跟着立住的。virtual cell 现在还没有等价的那个时刻。
Pachter 挑的是这套话语的合法性本身。他压根不接受"高层概念"这个前提,直接把词的功能定性成营销。这一刀最难辩护,因为它绕开了前面所有关于"目标对不对""验证够不够严谨"的讨论,直接问了一句更底层的问题:这个词从一开始,是不是就不是为了描述科学,而是为了让人愿意投钱、愿意关注、愿意相信。
当一个领域的术语跑在了它能兑现的能力前面,最先站出来拆台的,往往不是外行,是同一个圈子里最懂行的人。
Bo Wang 现在的防守姿态,是把自己稳固在"这是经验问题,让数据说话"上。这个姿态本身没有错,但也意味着他此刻拿不出反例,只能等 X-Cell——他今年三月刚在 Xaira 发布的 49 亿参数扩散模型,训练数据是 2560 万个扰动单细胞转录组——用未来的表现说话。
争论没有赢家。但它把一件事摆到了台面上:术语可以先行,信任却只能后补。