BioTender · AI × Biology Field Notes

虚拟细胞,被自己人
骂成了"营销垃圾"

一场关于 virtual cell 的四回合交锋,吵的其实是三件不同的事

2026 年 7 月 · BioTender 编辑部
虚拟细胞大乱斗
Team Skeptic vs. Team Aspirational——这场架,早晚要打

7 月 8 日晚上 8 点 17 分,Bo Wang 发了一条帖子。

他是 Xaira Therapeutics 的生物医学 AI 负责人,多伦多大学终身副教授,scGPT、MedSAM 的发明人——这几个名字随便拎一个出来,在单细胞和医学影像圈都够镇场子。他这条帖子的意思很直白:virtual cell 的目标从来不是把扰动预测这个 benchmark 刷高分,扰动预测只是手段,真正要撬动的是下游整条药物发现链条——靶点识别、机制推断、毒性预测、biomarker 发现、治疗设计。把代理指标当成使命本身,是本末倒置。

Bo Wang 原帖
Bo Wang · 8:17 PM"扰动预测是手段,不是目的。" 31.4K 次浏览,评论区先是一片附和。

然后 Anshul Kundaje 来了。

这位斯坦福的计算基因组学教授没有客气。他说这些目标一个都到不了 virtual cell——它们全都可以被专门为单一任务优化过的"shortcut model"解决掉,用的还是对该任务而言最合适不过的数据。他补了一句更扎心的:这帮人当年也是这么吹单细胞基础模型(scFM)的,结果一直都错。

Kundaje 反击
Anshul Kundaje · 11:12 PM"这些目标都会被 shortcut model 解决掉,跟真正的虚拟细胞没关系。" 引用 Bo Wang 原帖,38.7K 次浏览。

这句话不是随口一说。Bo Wang 正是 scGPT 的作者,scFM 阵营的代表人物之一。Kundaje 这一刀基本上是指名道姓。

Bo Wang
Bo Wang
Xaira Therapeutics
生物医学 AI 负责人
多伦多大学终身副教授
Anshul Kundaje
Anshul Kundaje
斯坦福大学
遗传学 / 计算机科学副教授
ENCODE 计划核心成员
Lior Pachter
Lior Pachter
加州理工学院
计算生物学教授
博客 Bits of DNA 主笔

Bo Wang 没有回避,写了一段挺长的澄清。核心意思是三层:第一,他对"shortcut model"本身没意见,自己很多论文用的也是相对简单的模型,只要真能解决问题,模型复杂与否不重要;第二,virtual cell、foundation model、world model 这些词,本来就是描述一类模型的高层概念,不是某个具体算法,CV 和 NLP 领域也是这么一路发展出术语体系的;第三,这些概念到底能不能兑现,是个经验问题,得靠严谨验证说话,健康的怀疑没问题,但也该给一个有雄心的新方向证明或证伪自己的机会。

Bo Wang 长回复
Bo Wang 的三点澄清,12:47 AM · 7 月 9 日 · 54K 次浏览

评论区这时候分成了两派。Hani Goodarzi 帮着补了一刀理论支撑:扰动响应、分化、药物反应、细胞状态跃迁,读出的其实是同一套调控机制,学到了机制自然就能泛化——但他自己也承认,现在的模型有没有做到这一点,仍然是经验问题。Jakub Tomek 则从另一个角度扎进来:不是反对雄心,是词要有边界,"virtual cell"目前实质上就是一个具体 ML 任务的重新包装,却借用了远比它成熟的学科的话语权。Bo Wang 回复说,这正是他原贴想强调的——virtual cell 应该超越单纯的扰动预测。

Goodarzi 与 Tomek 的评论
Hani Goodarzi 与 Jakub Tomek 的两条不同角度的追问

争论眼看要收敛成一场可以体面结束的学术分歧。

Lior Pachter 出手了。

这位 Caltech 的计算生物学教授,以在自己博客 Bits of DNA 上不留情面著称,直接把 Bo Wang 那句"高层概念"的辩护打掉了地基:"virtual cell"根本不是什么高层概念,这就是营销垃圾,用来给一个只存在于发布会和 PPT 里、永远造不出来的画饼项目造势,替代掉那些真正对应扎实科学的语言。

Pachter 补刀
Lior Pachter没有铺垫,没有商量的余地。回复引用了 Bo Wang 的长澄清,18 小时后发出。

没有铺垫,没有商量的余地。


1方法论之争

这场四回合交锋,吵的其实不是一件事,是三件事叠在一起。

Kundaje 挑的是验证方法论。他不是说 Bo Wang 的目标定错了,而是说就算每个下游任务都刷出好成绩,也证明不了存在一个统一的细胞世界模型——因为每个任务都可能被单独针对它优化过的窄模型攻破,不需要模型真的理解底层调控机制。Bo Wang 在回复里说"如果简单模型真能捕捉复杂生物学,我很高兴",这句话没有正面接住 Kundaje 的质疑:问题从来不是模型简不简单,是它到底有没有学到机制,还是只是在特定任务分布上找到了捷径。Goodarzi 想替这个洞打补丁,但补丁本身还是一句断言,没有证据。

2术语的诚实度

Tomek 挑的是语言的诚实度。virtual cell 现在实际对应的,就是一个具体的扰动预测任务,却套用了细胞生物学、系统生物学这些远比它成熟的学科积累出来的术语权威。Bo Wang 拿 CV、NLP 的"foundation model"类比来辩护,但这个类比本身就不成立——foundation model 这个词在 CV、NLP 里,是先有了可复现的 benchmark 突破和下游能力的实打实提升,术语才跟着立住的。virtual cell 现在还没有等价的那个时刻。

3话语的合法性

Pachter 挑的是这套话语的合法性本身。他压根不接受"高层概念"这个前提,直接把词的功能定性成营销。这一刀最难辩护,因为它绕开了前面所有关于"目标对不对""验证够不够严谨"的讨论,直接问了一句更底层的问题:这个词从一开始,是不是就不是为了描述科学,而是为了让人愿意投钱、愿意关注、愿意相信。

当一个领域的术语跑在了它能兑现的能力前面,最先站出来拆台的,往往不是外行,是同一个圈子里最懂行的人。

Bo Wang 现在的防守姿态,是把自己稳固在"这是经验问题,让数据说话"上。这个姿态本身没有错,但也意味着他此刻拿不出反例,只能等 X-Cell——他今年三月刚在 Xaira 发布的 49 亿参数扩散模型,训练数据是 2560 万个扰动单细胞转录组——用未来的表现说话。

争论没有赢家。但它把一件事摆到了台面上:术语可以先行,信任却只能后补。

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