BioTender / 论文速递

Issue 64 · 2026-09-22 · AI × Biology

从 Boltz-2 虚拟筛选,
到神经与临床表型模型

今日速递6 篇3 方向arXiv 6
Kairi Furui · Masahito OhuearXiv 预印本 · 2026.09.21

这项工作研究如何用少量目标实验活性标签适配 Boltz-2:作者只微调亲和力预测头,再将候选分子重新排序,目标是提高虚拟筛选中有限实验预算的早期命中率。

在八个 MF-PCBA 靶点的回顾性评估中,作者报告微调后的早期富集与平均精确率优于未微调对照;仅重排一部分候选仍保留部分收益。该文是未经同行评审的 arXiv 预印本,现有证据主要是既有数据上的回顾性评估,不能直接视为新靶点湿实验命中率。

Weiren Zhao · Takeyuki TamuraarXiv 预印本 · 2026.09.21

Interkcat 用双向交叉注意力刻画酶残基与底物原子之间的相互协调,不仅预测催化周转数,也从表示中提取用于定位突变敏感区域的相互作用拓扑分数。它试图把酶活性预测与可解释的序列位点联系起来。

作者在统一基准上报告了预测表现,并指出不同突变结局对应不同的高阶拓扑模式。这是未经同行评审的 arXiv 预印本;注意力导出的分数与位点关联是模型解释,仍需独立突变实验检验其机制指向。

Zhuoyi Liu · Alex Calabrese · Corey S. O'HernarXiv 预印本 · 2026.09.21

研究整理野生型与单氨基酸突变体的晶体结构配对,刻画突变引发的局部形变如何随空间距离衰减,再检查 AlphaFold 3 对这些实验形变的再现能力。评价重点由整体折叠准确性转向细微的突变效应。

作者观察到突变造成的形变越大,AlphaFold 3 的局部再现准确性越低;溶剂可及性变化这一简单物理特征则呈现不同的相关性变化。该文是未经同行评审的 arXiv 预印本,基于所选晶体结构集合,不能推断 AlphaFold 3 对所有突变类别的表现。

Demian Pavlyshenko · Bohdan PavlyshenkoarXiv 预印本 · 2026.09.21

作者把蛋白功能注释设为从氨基酸序列直接生成文本的任务,采用 QLoRA 微调小型 Ministral 语言模型,希望超越固定标签本体的多标签分类形式,输出接近人工整理的功能描述。

论文主要使用另一模型扮演资深分子生物学标注员来评分,并讨论数据质量与证据落地问题。该文是未经同行评审的 arXiv 预印本;模型评模型不能替代独立专家盲评和实验功能验证,自动生成的注释仍需人工核实。

Md Sayed Tanveer · Mohammed A. Mostajo-Radji · Ge WangarXiv 预印本 · 2026.09.20

该模型不预先固定分选后的神经元集合,而用向量量化自编码器学习跨微电极阵列共享的时空放电模式,再以掩码 Transformer 生成放电发生的位置和模式,面向阵列读数稀疏且记录电极不一致的问题。

作者在人体脑类器官与离体海马组织的多个测定中评估重建、遮蔽补全和自由生成,并报告优于匹配的生成基线。该文是未经同行评审的 arXiv 预印本;生成数据的统计拟合尚不等于对神经机制或药物反应的因果模拟。

Laura Cif · Zohra Souei · Diane Demailly · Mayte Castro-Jimenez · Juan Dario Ortigoza-Escobar · Muhammad Mushhood Ur Rehman · Morgan Dornadic · Sophie Huby · Gun-Marie Hariz · Cecile Hubsch · Nathalie Dorison · Eduardo M. Moraud · Jocelyne Bloch · Gabriella Horvath · Olivier Oullier · Xavier VasquesarXiv 预印本 · 2026.09.17

研究将 SAM 3 视频分割所得运动特征与 TabICLv2 表格基础模型结合,试图从无标记视频同时辨识多类共存的运动障碍表现。骨干模型保持冻结,仅按站点校准患者层面的判定步骤。

作者在有限的成人训练样本以及两个独立的儿童、成人数据集上报告了迁移结果,也明确指出某些症状是失败项。该文是未经同行评审的 arXiv 预印本且仍处于投稿阶段;样本量较小,尚需前瞻性多中心验证,不能用于临床诊断替代。